Élaboration d’une nouvelle méthode métagénomique pour la surveillance de l’environnement (LIFE BIOTAGENE)

La dégradation des sols, vitale pour les activités humaines et la survie des écosystèmes, est un grave problème en Europe. La dégradation des sols est due à des pratiques agricoles et forestières inadéquates, aux activités industrielles, au tourisme, à l’étalement urbain et industriel et aux travaux de construction. Les changements climatiques, et en particulier les changements dans les régimes de précipitations (par exemple, les sécheresses prolongées), peuvent contribuer à une dégradation accrue des sols. En Europe, ces facteurs entraînent l’érosion, le déclin de la matière organique, la contamination, la salinisation, le compactage, le déclin de la biodiversité, l’imperméabilisation, les inondations et les glissements de terrain. La dégradation des sols a une incidence directe sur la qualité de l’eau et de l’air, la biodiversité et la vulnérabilité au changement climatique. En outre, elle peut avoir un effet négatif sur la santé humaine et menacer la sécurité alimentaire et alimentaire. La perte de sols et la baisse de la fertilité ont été soulignées dans la stratégie de l’UE pour le développement durable comme l’une des principales menaces pour le développement durable et l’une des principales causes de la diminution de la viabilité des terres agricoles. Les communautés de microorganismes sont sensibles aux conditions environnementales et donc à de bons indicateurs de l’état de l’environnement. Toutefois, l’application d’approches métagénomiques a été limitée en raison des coûts élevés et du manque d’accès à des infrastructures techniques hautement spécialisées. L’objectif général du projet est d’élaborer et de démontrer une nouvelle approche de la surveillance de l’environnement, fondée sur des données métagénomiques et utilisant la biotechnologie moderne et les technologies de l’information. Au cours de la durée du projet, 300 échantillons de sol seront prélevés en Estonie, en Lettonie, en Lituanie, en Finlande, en Suède, en Pologne et en Allemagne. À partir des échantillons, l’ADN sera extrait, amplifié, séquencé et analysé. Sur la base des données génomiques, on déterminera les marqueurs qui décrivent l’environnement. Ces marqueurs nous permettront d’évaluer l’influence intégrale de différentes activités humaines telles que l’agriculture et le changement climatique sur les écosystèmes. Ce type d’évaluation permet de caractériser l’influence des facteurs mettant en danger l’environnement et les humains et de mieux prévoir les impacts futurs potentiels.